2003年SARS疫情肆虐，经中国军事医学科学院P3实验室研究发现，连花清瘟可有效抑制SARS病毒。连花清瘟获得新药证书和生产批件，并且把抑制SARS病毒的作用明确写在了连花清瘟颗粒说明书中。

 

　　2009年甲型H1N1流感大流行，首都医科大学附属北京佑安医院联合九家甲型流感收治医院，开展了“连花清瘟胶囊治疗甲型H1N1流行性感冒”的循证医学研究，研究结果证实连花清瘟胶囊在抗病毒作用方面与奥司他韦没有差异，在缓解流感症状，特别是退热和缓解咳嗽、头痛、肌肉酸痛和乏力等症状方面，连花清瘟优于奥司他韦。

 

　　自2019年底新冠肺炎发生以来，国内很多科研院所开展了一系列连花清瘟防治新冠肺炎、预防转重症方面的基础和临床研究。广州呼吸健康研究院、呼吸疾病国家重点实验室在国际药理学界主流期刊《药理学研究》发表的《连花清瘟对新冠病毒具有抗病毒、抗炎作用》研究证实，连花清瘟通过抑制病毒复制、抑制宿主细胞炎症因子表达，从而发挥抗新冠病毒活性的作用。最新研究还发现，无论是对Alpha、Beta，还是Delta等变异株，连花清瘟都显示了稳定的体外抗病毒作用。