麻杏石甘汤和银翘散两个药方针对疫病发热、咳嗽、喘促用药。现代药理研究发现，两个药方都具有良好的退热、止咳、抗炎、抗病毒作用。辛凉宣肺与泄热，可以解决患者体温持续不降的问题;清肺止咳平喘，可以改善患者的咳嗽不止，呼吸困难;抗炎抗病毒作用可以抑制病毒的复制，抑制病毒感染引起的系统性炎症反应。
应用大黄独具特色。汲取明代吴又可治瘟疫用大黄的经验是连花清瘟的一大特点，中医认为，肺与大肠相表里，清肺热必须让邪有出路，大黄恰恰能发挥让“疫毒”从大便排出的作用;使用大黄另一价值在于先证用药，截断病势。明代吴又可曾指出：瘟疫治疗宜在人体正气未衰之时，及早攻逐邪气，应用通便的大黄，截断病情向危重传变。现代药效研究证实大黄具有抑制肺部炎症，改善肺功能作用。
创新应用红景天。连花清瘟中还有关键的一味药是红景天，这在现代其他治疗外感热病，如感冒、流感、新冠的中成药中是没有的。红景天生长在高寒、高海拔的青藏高原，具有耐高寒、耐缺氧的生长特性，可以提高人体抗疲劳、耐缺氧能力，应对新冠肺炎普遍表现的乏力、气短、血氧含量低造成的多脏器损害。同时红景天的增强免疫作用可以改善患者淋巴细胞及亚群偏低造成的机体抗病能力下降，所以可以提高抗病能力与康复能力。
连花清瘟组合为一个创新药物，可以发挥卫气同治，表里双解;先证用药，截断病势;整体调节，多靶治疗的作用。
